Bobby juga disebut tidak mematuhi arahan partai usai memberikan klarifikasi pada 6 November, lalu kepada Ketua DPP PDIP Bidang Kehormatan Partai. Hingga saat ini Bobby juga belum mengembalikan kartu tanda anggota (KTA) usai diberi kesempatan tiga hari.
"Sampai batas waktu yang diberikan oleh DPP Partai bahwa Sdr. Muhammad Bobby Afif Nasution belum juga menyerahkan surat pengunduran diri dan KTA PDI Perjuangan kepada DPC PDI Perjuangan Kota Medan," tulis dalam surat.